表面上， 玛丽莎·柯兹·威尔逊（杰西卡·阿尔芭 饰）有着叫人艳羡的生活…嫁给了著名的特务追踪电视新闻记者，刚生下了一个可爱的小宝宝，还有一对聪明伶俐的继子继女，但其实玛丽莎是个退休的特务。　　当疯狂的时间控制者（杰里米·皮文 饰）发出警告说要偷走时间并征服全世界的时候，玛丽莎的生活发生了翻天覆地的变化。继女瑞贝卡和继子塞西也被卷入了战争，而他们发现自己无聊透顶的继母居然是曾经最棒的特务。带着令人眼界大开的新奇装备，非常小特务们非常有可能依靠智慧再一次拯救世界，并且让全家人团聚。

《非常小特务4》是对旧系列的重新诠释，阿尔芭饰演一个被重新起用的退休间谍，有一个小宝宝，还带着两个十来岁的继子女一起生活。这两个大孩子就是新的“特务”。

特工格雷格里奥（安东尼奥•班德拉斯 Antonio Banderas 饰）和英格丽德（卡拉•古奇诺 Carla Gugino 饰）是世界上最顶尖的特工，两人在一次任务中相遇，然后就一发不可收拾的堕入了爱河，从此世界上就少了两名出色的特工，多了一个幸福的家庭。一晃眼九年过去了，平静的世界再起波澜，格雷格里奥以前的战友们一个接一个神秘失踪，这一定是阴谋分子又在兴风作浪。无奈之下，格雷格里奥和英格丽德只好再度出马，不料两人亦同样遭到绑架！这下，重担只能落在两个从小生长在特工之家的小鬼卡门（亚历克斯•维加 Alexa Vega 饰）和朱尼（达里尔•沙巴拉 Daryl Sabara 饰）身上，我们的特工神童出征了。