日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。 桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……

天地间动人的情愫,乱世中不悔的恋情,前世的恩怨,今生的情仇;一段发生在战国的浪漫冒险故事---《犬夜叉》。 大妖怪犬大将斗牙王与人类公主十六夜的儿子---犬夜叉，因为自己半妖的身份受到人类与妖怪的排斥，为了成为真正的妖怪而想得到四魂之玉；而巫女桔梗为了保护和净化四魂之玉，运用灵力不断与前来抢夺四魂之玉的妖怪战斗而犬夜叉也看到了渴望过平凡生活的巫女桔梗。在不断的相互了解中，两人相爱了，并最终约定利用四魂之玉的力量，把犬夜叉变类，守护使命结束的桔梗也可以回归到平凡生活。但是，在约定的日子里，发生了难以预料的变故。被假犬夜叉袭击而受到重伤的桔梗在背叛的愤怒中，用尽力气把犬夜叉封印在御神木上，然后带着四魂之玉在火焰中死去。悲剧就此拉开序幕……桔梗当时救了一个全身烧伤的盗贼鬼蜘蛛，鬼蜘蛛逐渐对桔梗产生了邪念，想得到桔梗和四魂之玉，于是把自己出卖给了无数的妖怪，诞生出了邪恶的妖怪奈落。奈落诞生后第一件事就是，分别变成犬夜叉和桔梗的样子和双方见面，在犬夜叉和桔梗决定要开始使用四魂之玉的力量让犬夜叉变类的时候。并且杀害桔梗，中伤犬夜叉，让他们双方互相憎恨都是被彼此所欺骗。50年后桔梗的转世，一个普通的初中少女---日暮戈薇，因为自己身体里的四魂之玉，被妖怪强行拉入食骨之井中，跌入犬夜叉被封印后50年的战国时代，与被封印在御神木上的犬夜叉邂逅，并在迫不得已的情况下解开了少年的封印。在随后与妖怪的战斗中，戈薇蹩脚的箭术射中了四魂之玉，使之散落成碎片。之前犬夜叉因抢夺四魂之玉而被戈薇言灵控制，此时不得不陪伴着戈薇去寻找四处飘落的碎片，寻找四魂碎片的旅程就此开始了。中途碰到了七宝、弥勒、珊瑚并与他们成为了伙伴，这些伙伴都有着悲惨的遭遇，小狐狸七宝的爸爸被雷兽兄弟所杀害，所以来抢戈薇手中的四魂之玉，后来犬夜叉杀掉了雷兽兄弟替七宝报了仇。无家可归的七宝便跟随犬夜叉他们一起开始了寻找四魂之玉碎片的旅途。弥勒的家族从祖父开始被奈落下了风穴的诅咒，右手掌上的洞可以无限吸进任何东西，最终连自己都会被吸入消失。他的父亲和祖父都是因为这样失去了生命。弥勒便想抢到四魂之玉杀掉奈落解除诅咒，同时为家人报仇。此间遇到了犬夜叉他们，互相了解后，结伴同行。珊瑚是身为妖怪退治屋的除妖师，被奈落陷害，全村人被杀害，自己的家人也被让奈落控制的亲弟弟杀害，还被奈落挑拨说是犬夜叉所为，便找犬夜叉报仇，经过和犬夜叉的一番战斗了解真相后，互相成为了朋友，一起踏上了旅途。之后，他们在与奈落的斗争中一起成长。

永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那。永远通过能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇所在的日暮家养育长大，成长为精通武道的女初中生。与此同时，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，身为赏金猎人的她拥有“妖怪杀手诸叶”这一称号，每天也是在做着除妖的工作。自从永远与刹那两人分开以来过了10年，穿越时代树时空的隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那不知为何忘记了永远的事情。包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永远她们这些“半妖的夜叉姬”，开始在现代和战国时代掀起波澜！