清雍正年间，反清志士纷纷起义，图谋推翻满清。雍正皇帝派大内高手纳兰德刚率其秘密杀人组织血滴子，赴扬州剿灭反清组织大明会，在江湖掀起一片腥风血雨。但平静的日子随着大明会黑白护法之一的鬼影修罗朱令策出现而告结束。方世玉不满苗翠花对自己的苛刻管教，上少林习武，并同纳兰德凯二人得传少林绝学易筋经，方德因雍正诡计导致天地会对其产生误会，无奈之下自刎以表清白，经历少林苦修后的世玉，继承父亲的侠义风范，为真理、为正义、为造福万民而奋斗。

少年方世玉随父亲方德自广东赶往杭州城进货，至杭城后，方世玉在集市因不忿于城中霸主雷老虎横行霸道致死卖艺老汉秋氏，而与雷老虎大打出手，致雷老虎重伤昏迷，方世玉与被其所救的卖艺女秋茗遭雷夫人李小环追杀落崖，后途径偏僻酒馆欲回杭城取回秋父尸体，却意外发现雷府利用陆运镖局自上海运送鸦片进杭州，为了斩断毒物毒害百姓，方世玉与秋茗、以及离家出走来到杭州的二哥方美玉、偏僻酒馆金氏父女联手揭露雷府阴谋。

乾隆年间，方世玉随其父方德押送丝绸前往杭州参加集会，杭州当地恶霸雷老虎横行乡里，在集会上相中自崖城一路卖艺来到杭州的秋氏父女，为强抢秋氏之女秋茗，雷老虎打死秋父，路见不平的方世玉出手阻挠并反致其于死地。雷老虎之妻李小环闻讯带人寻仇，方世玉寡不敌众坠入悬崖。为不拖累方家，他和秋茗改名换姓暂留崖城制衣店，但在崖城的日子过的并不太平，以段五为首的崖城保安队掌控着崖城人的生死，不仅到处欺行霸市，还与常年盘踞崖城以张锦洪为首的悍匪互相勾结，崖城百姓深受其害。方世玉与秋茗互生情愫，并与秋茗联手将段五保安队一行人打的满地找牙，同时被百姓推举为新任保安队长打算和张锦洪做抗争…

方世玉（李连杰 饰）原是城中纨绔子弟，好打抱不平。一日，他闻说外省富豪雷老虎在次设下擂台，比武招亲，又听讲雷小姐貌美如花，遂前往比武招亲。当方世玉过赢准备打赢未来岳母李小环时，一阵风吹过，将台上坐着的小姐的盖头吹了起来，他发现竟是一名丑女时，马上故意认输，溜之大吉。 方世玉的母亲苗翠花（萧芳芳 饰）听说儿子擂台上败下阵，自觉颜面无光，于是化身方世玉的哥哥方大玉前往打擂，一举打败了李小环。岂料雷老虎当晚即派人来接方大玉成亲。世玉为救母亲，只有代替母亲前往雷家成亲。 母子两计划新婚之后趁回门的时候一起出逃，岂料方世玉的父亲方德回来了！

该剧讲述了方世玉从一个懵懂莽撞的少年逐渐成长为名震一时的盖世小英雄的故事。

小方世玉为首的一群孩子在少林武院学习、成长；莫大将军为首的官府势力在崇阳镇屯兵敛财，拉拢江湖的邪僧欲潜入少林寺获取达摩碑而称霸武林。当江湖武林、现实社会的各方面势力爆发激烈冲突，无法回避地撞击到孩子们身上时，他们从懵懂无知，被动躲避，到看清真相，勇敢担当。

方世玉（李连杰 饰）、雷婷婷（李嘉欣 饰）、陈家洛（郑少秋 饰）一行抵达红花会总舵。红花会事业蒸蒸日上之余，帮内争权夺势的斗争亦未停息，堂主于镇海（计春华 饰）因不满父亲传位陈家洛，几次三番找人行刺未果，方世玉出面当众斥责，两人结下仇怨。 陈家洛命世玉等人抢夺扶桑武士护送的一锦盒，虽有苗翠花（萧芳芳 饰）出手相助，但任务失败，期间世玉再次相遇对其芳心暗属的两广总督之女安儿（郭蔼明 饰）。为再次抢夺锦盒，方世玉受命接近安儿，却被两广总督算计，危急时刻安儿救得世玉等人性命。世玉辱命，被陈家洛假意废去武功，锦盒之内的秘密被于镇海发现，李国邦（元奎 饰）身死，陈家洛被囚，于镇海坐上总舵主之位。方世玉伤愈归来，准备不惜代价铲除红花会叛徒。