清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

19世纪末，由于维新变法、皇位继承等诸问题，满清政府与列强关系日趋紧张。慈禧太后决定在全国鼓励习武之风以强国壮志，遂派李鸿章举办舞狮大会，吸引全国武林好手参加，名为“狮王争霸”大赛。黄飞鸿携十三姨、梁宽赴京探望父亲，并准备购买蒸气机以办药厂。北京恶霸赵天霸欲取得大赛头名，用卑鄙手法对付各武林同道，并来广东会馆踢馆，派手下干将鬼脚七将黄琦英打伤。十三姨于北京邂逅留学时的俄国同学，其人在俄国使馆工作，对十三姨一直情有独钟，并送她一部映画机。梁宽设计使鬼脚七断腿。赵天霸认为鬼脚七已无利用价值，将其逐出；黄飞鸿不计前嫌，收留阿七。鬼脚七受黄飞鸿一代宗师的气魄所感动，悔恨自己以往助纣为虐的行为，乃拜黄飞鸿为师。

飞鸿(李连杰)与十三姨(关之琳)、梁宽(莫少聪)在广州遇到白莲教徒借「扶清灭洋」口号，捣乱使馆、教堂等洋人地盘也不放过，原来是大臣纳兰元述(甄子丹)包庇用来对付革命党。黄在一医学会议中，与革命领袖孙文(张铁林饰)一见如故，发觉他们对救国更具远见，决助他们一把逃过卮运。黄飞鸿有感时势逆转，遂直捣白莲教总坛，决胜九宫真人(熊欣欣)，藉此拨开迷信假象。黄飞鸿又奋慨智末开，国运的衰竭，不惜投身与元述...

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。

黄飞鸿（赵文卓 饰）夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都（陈继铭 饰）大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽（莫少聪 饰）再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七（熊欣欣 饰）等找到在北京办报的十四姨（王静莹 饰）求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘（王菁华 饰）一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战八国巨狮……

黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿在路上搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安人部落收留，因十三姨坚持不懈的寻找二人终于团聚。与此同时，镇长与匪帮勾结为自己牟取暴利，事发后撇开匪帮导致后者大举报复，被镇长栽赃的黄飞鸿挺身而出，大战西部群匪……

这是黄飞鸿年轻的故事，他注定成为时代的宗师，在武侠世界中一个永恒的传奇。 1868年的清末，朝廷腐败让人民生活备受煎熬。在广州，黑虎帮和北海帮子两大恶势力横行于黄埔港。他们以暴力威胁统治在港口的穷苦人民，让他们生活在水深火热之中。外界在看来，黄埔港是个繁荣并充满机会地方，但深入其中，会发现这里其实是人间炼狱。 黑虎帮的老板雷公（洪金宝 饰）因一个新兵手下阿飞（彭于晏 饰），以过人身手及胆识直取北海帮子首领的头脑，而让黑虎帮独霸一方，不但靠鸦片赚进大笔银两，更进行着卑鄙的贩卖人口勾当，雷公更视阿飞如己出。其实，阿飞背后另有故事，心中更另有计划。他和肝胆相照的朋友们设了陷阱，救出穷苦的人们，更公开与雷公进行生死决斗。 黄埔港终于恢复了和平，也诞生了真正的英雄，这是黄飞鸿故事的开始……

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。 严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

德叔有一身少林武功，到美国开了个宝芝林医馆，兼授武术。叛徒尊尼另开武馆，并来宝芝林寻衅，用下流手段打伤德叔，企图独霸美国武林。德叔大弟子杰到美国探师，与当地少女安娜发生误会，被拘入警局。杰在警局与警员发生友谊，并于德叔团聚。尊尼不甘心，继续聚众闹事，杰挺身而出，巧妙的利用警方把他们绳之于法，为达到报复的目的，尊尼把安娜吊在摩天大楼上，引诱杰来拼命。一个武林清理门户，除掉叛逆洋徒弟的故事，就这样险像连环地展开了。

黄飞鸿也会做糗事：听信弟子梁宽（梁家仁）及牙擦苏（张卫健），他竟把宝芝林搬到了妓院旁边。但这令他的众弟子喜上眉梢。妓院老板黄狮虎（陈百祥）将黄飞鸿视作偶像，一心想拜他为师，却不被理会，其妹妹（袁咏仪）等妓女更是被他敬而远之。清廷命官雷一笑（徐忠信）实是义和团余孽，他勾结上级官员及能仁寺花和尚掳掠女性，准备将她们贩卖到南洋。 黄飞鸿得知雷的阴谋后，开始想办法将被抢女性解救，被雷视作眼中钉。不久他同梁宽、牙擦苏等人表演舞狮时，因之前为救治病人拿自己当实验品服用西药，双耳突然失聪，被雷及其手下装扮的蜈蚣击败。回佛山医治路上，他遇到将他误会的铁燕（张敏）和其父亲，他们从四川来到广州找寻失踪的妹妹时，曾因听闻雷一笑与黄飞鸿的对话将两人视为一伙。

恶霸顾宗武，企图垄断码头搬运生意，唆使手下向朱贵属下工人捣乱，朱贵调解后返家，邀黄飞鸿师徒到肥肥姐姐玉英之酒楼设宴为黄飞鸿接风，黄飞鸿并收小狮子为徒。一日，顾手下因追捕一名逃走少女，与郝镖等众爪牙包围黄飞鸿，拟将众人灭口，飞鸿与小狮子与对方斗智，以绝技将顾等人消灭。

一心想去广州闯荡的少年黄飞鸿，无奈被迫去上学后，通过周十三和陆一白的帮助，最终拿到了去广州考试并有可能留洋的资格。去到广州后，却发现了海公公为首的朝廷保守派对此番赴广州的考试的阴谋，他们决意阻挠洋务派的留洋行动，最终黄飞鸿以一人之力与海公公抗衡，挽救大局，得以让留洋行动正常进行。

晚清时期，外来入侵，国家内忧外患，民不聊生。黄飞鸿面对列强的压迫，依旧弘扬中国文化，保护民族信仰，与外来者的打击坚持抗争。在这样一个社会动荡的时期，北拳宗师吴镇南，初入佛山北拳南传，却屡屡碰壁，面对黄飞鸿的盛情款待，吴镇南却不愿接受他的帮助。就在这个时候，洋人趁火打劫，把药品研究用在了吴镇南身上，导致两人矛盾再度激化，面对洋人的利用和威胁，吴镇南不得不和黄飞鸿展开激烈的一战。被洋人雇佣来协助研究项目的女孩路小月在秘密研究项目中也慢慢了解到洋人的残暴实验，渐渐地看清了洋人计划，危险一触即发。。。

王麒英文武双全，尤以十字拳及无影脚名震江湖，使歹徒闻之胆怯，麒英桃李满门，惜独得一子飞鸿，故麒英对飞鸿爱护有加，徒儿之中，有名术赤浪者，为人精明勤奋。好学不倦，深得同门敬重，然后麒英却深察术性冷情绝，实不宜学习中国武术，恐于学成后祸己害人，送赠金使其引退，然而术却误认英对己心存偏见，一怒而...

晚清期间，黄飞鸿作为南派少林武功传人，在佛山一带已具盛名。某日，黄带同徒弟梁宽及牙擦苏到广州接远从美国回来的十三姨。三人路经铁路工地时，无故惹来工程总管十一少粗暴对待，继而产生争执。不久，黄因出面阻止十一少在闹市胡作非为，双方积怨日深。十一少后得悉黄与反清志士来往，密报提督将其收监并施以凌辱……　

电影讲述了1882年的广东，时局动荡，内忧外患。在广州，湖广商会为了争夺与英商布朗的合作权办了一场擂台赛。梁宽来到擂台替师弟出头，谁知这竟然是英商布朗的阴谋，狂化了的鬼脚七像猛兽一般竟要置梁宽于死地。这时黄飞鸿及时出现救下梁宽，谜底则一点点揭开，英国人来到中国的目的居然是为了制造“战争机器”。而飞鸿一等人这时才刚刚察觉到，这一切的幕后主使另有其人。

民国时期广州拐卖案猖獗，黄飞鸿行侠追凶时为护十三姨而生死不明。十三姨为查明真相，卧底进入拐卖案的幕后大本营—一所洋人开办的学校。十三姨经过查探发现了更大的阴谋！而后她与女生们齐心合力一起打败了这股邪恶的西方势力。

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。　　严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

晚清末年，大清帝国摇摇欲倒。面对外敌来袭，慈禧太后鼓励民间习武抗敌。李鸿章为了逢迎太后，举办起一年一届的“狮王争霸”大赛。“狮王争霸”其实就是各们各派舞起狮子头，以武力争夺锦标。

武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞·特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。